2016年3月1日，在江苏省委宣传部、南京市委宣传部、南京大学共同支持下，南京大屠杀史与国际和平研究院在侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆挂牌运行，成为江苏省首批重点高端智库之一，也是全国文博场馆建立的第一家智库。现聘有国内外研究人员100多人。

四年多来，研究院始终坚持国家站位与服务地方相统一，持续为固化南京大屠杀“世界记忆”、传播中国和平理念、构建人类命运共同体而努力。2018年，研究院获“江苏省智库实践十佳案例”奖、省智库课题优秀成果奖；2019年，研究院获江苏省和南京市决策咨询优秀成果一等奖。

研究院参与并成功申报南京为国际和平城市，其在国歌立法、南京市国家公祭保障条例立法等方面的诸多研究成果也被转化为现实执行的法律法规。

在理论研究和社会传播方面，研究院编写了《人类记忆：南京大屠杀实证》《南京保卫战档案》《南京不会忘记》等书籍；开展了南京大屠杀记忆传承口述史项目，推出《被改变的人生》《和平之旅》《守望历史》等口述史图书；打造了专业的学术研究阵地——《日本侵华南京大屠杀研究》中英日文刊；面向公众持续举办紫金草和平讲堂；面向外籍友人和留学生创办了紫金草国际和平学校，该教学活动入选2019年度CTTI来源智库最佳实践案例。